سعت جماعة الإخوان إلى إشعال أزمة طائفية في مصر من خلال افتعال عدد من الأزمات تضرب العلاقة بين المسلمين والأقباط وتضعف الروابط القوية التي تجلت بينهما في ثورة 30 يونيو وأدت إلى الإطاحة بحكم الرئيس المعزول محمد مرسي.

المخطط الإخواني كشف عنه الفحص الأولي لمحتويات أجهزة الكمبيوتر والإسطوانات المدمجة التي عثر عليها في منزل عدد من القادة الميدانيين في تنظيم "أنصار بيت المقدس" والذين تم إلقاء القبض عليهم أو قتلهم في حملة المداهمات التي قامت بها في الأيام الأخيرة قوات مشتركة من الجيش والشرطة في شمال سيناء.

وحسب مصادر أمنية في وزارة الداخلية، فقد تبين لأجهزة التحقيق وجود خطط وخرائط تفصيلية مرسلة إلى عناصر بيت المقدس من شخصيات مرتبطة بالتنظيم الدولي لجماعة الإخوان تتضمن تعليمات محددة بشن حملة اغتيالات منهجية ضد عدد من القساوسة والكهنة وكبار الرموز في الكنيسة المصرية، فضلا عن شن عدد من التفجيرات التي تستهدف بعض الكنائس في المحافظات الحدودية، والتي لا تحظى بإجراءات تأمين مماثلة لتلك التي تحظى بها كنائس العاصمة والمدن الداخلية.