كشفت التحقيقات الأولية التي أجرتها سلطات ألأمن المصرية، عن نفي الراكب السوداني مصعب إبراهيم عمير محاولته لاختطاف الطائرة. وقال الراكب السودانى إنه أبدى رغبته فقط في تغيير خط سير الطائرة أثناء قدومها من اسطنبول إلى القاهرة للمرور فوق المسجد الأقصى والطيران فوقه على ارتفاع منخفض ليقوم بتصويره بكاميرته الديجيتال التي كانت في حقيبة يده على الطائرة!
وأشار المتهم في التحقيقات إلى أنه تأثر كثيرا بمشاهد الفلسطينيين التي يراها عبر الفضائيات وأنه يتمنى نصرتهم والذهاب إليهم ولهذا طلب من طاقم الطائرة التوجه إلى القدس إلا أن رجال أمن الطائرة حالوا دون ذلك.
وتابع المتهم، أنه فكر في ارتكاب الواقعة عقب إقلاع الطائرة بربع ساعة فقط. وأشار إلى أنه كان يريد بعدها استكمال الرحلة بشكل طبيعي إلى القاهرة ومنها إلى الخرطوم، حيث قام بحجز تذكرته من تركيا إلى السودان مرورا بمصر.