رغم توقع مراقبون ان تساعد الزيارة التي قام بها قداسة البابا بنديكتوس السادس عشر الى اسرائيل في ايار في التوصل الى اتفاق بين اسرائيل والفاتيكان بشأن الوضع القانوني والضريبي لمؤسسات الكنيسة الكاثوليكية في الاراضي المقدسة. أصدرت اسرائيل والفاتيكان بيانا أكدتا فيه عدم تمكنهما من التوصل الى اتفاق في المحادثات بينهما.

قداسة البابا بنديكتوس السادس عشر
وجاء في البيان ان المحادثات جرت "في جو ودي يسوده التفاهم المشترك"، الا انه لم يتم التوصل الى اتفاق، مضيفا انه تقرر اجراء اجتماع "عمل" في السابع من كانون الثاني. وطبقا للبيان فسيجري اللقاء التالي للجنة المشتركة باكملها في 27 من شهر أيار القادم.
وترأس نائب وزير الخارجية الاسرائيلي داني ايالون الوفد الاسرائيلي في اجتماع اللجنة الاقتصادي المشتركة لبحث الخلافات المتجذرة التي شابت العلاقات الثنائية. الا ان الخلافات لا تزال قائمة وخصوصا بشأن وضع اكثر من 100 من املاك الكنيسة في اسرائيل.
وكان الكرسي الرسولي والدولة العبرية وقعا في 30 كانون الاول. 1993 اتفاقا اساسيا عهد به الطرفان للجنة المشتركة مهمة حل المشكلات المالية والمتعلقة باوقاف الكنيسة الكاثوليكية، ولا سيما تلك الواقعة في الاراضي التي احتلتها اسرائيل في حزيران 1967. ولم تتمكن اللجنة حتى اليوم من التوصل الى اتفاق.
ويطالب الكرسي الرسولي بالاعتراف بالحقوق الكاملة والمطلقة للمؤسسات الكاثوليكية، وتأكيد الإعفاءات الضريبية التي كانت تستفيد منها الكنيسة عند قيام إسرائيل في أيار 1948 وهي حقوق طلبت الأمم المتحدة من الدولة العبرية احترامها.
يذكر أن اسرائيل تريد الاحتفاظ بحقها في المصادرة والاستملاك عندما تكون هناك حاجة لاجراء "اعمال بنى تحتية" في الاراضي المحاذية لهذه المواقع. ولعل اكثر المسائل حساسية في هذا الاطار هي قضية "علية القدس" وهو مبنى من طبقتين يقع عند قمة جبل صهيون حيث اقيم العشاء السري (آخر عشاء تناوله السيد المسيح مع تلامذته).
وهناك موضوع خلافي آخر بين الجانبين هو دار الرعاية التابع لراهبات المحبة- القديس منصور دي بول في القدس وهي دار تعنى بفلسطينيين معوقين عقليا وجسديا وتقع قرب الحي المسيحي في المدينة القديمة وملكيته موضوع نزاع امام المحاكم الاسرائيلية منذ 1974.